医院的空调在以下几个方面与深圳办公室装修的空调是很不相同的。
1. 由于医院各部门的使用时间，所要求的温湿度、洁净度以及负荷条件各不相同，因此空调系统分区必然要细化，而且空调方式也要求多样以适应不同区域的要求，需要格外重视各个房间的独立控制与调节的可能性。
2. 空调系统的净化措施十分重要，目前国内多数医院无论从设计到配置，或者运行管理等方面都是很薄弱的环节。众所周知，医院内交叉感染必然是医院空调的重要责任。净化室内空气，以及维持各个不同房间的合理压差，以控制空气的流向，是降低院内交叉感染的重要手段。
国外大型综合医院，一般都设置有传染控制委员会这一类的机构，美国暖通空调工程师协会特别强调在设计时和这类机构“探讨传染控制的问题是明智之举”。
此外，医院因x光诊断、放射诊疗、核医学检查、生化检验等部门产生多种放射性尘埃等物体，防止其向外扩散也是医院空调的重要职责。
