1. 准备清洗或者消毒(再清洗)溶液，可采用不损坏洁净室表面面层的普通清洗溶液，某些面层易受到损坏如果经不住氧化氢的作用。有碍深圳厂房装修的效果，高级别的洁净室用的溶液应该采用去离子水配制，在灭菌生产中则采用经过0.22微米过滤器过滤的纯水或者注射用水配制。
2. 对进入洁净室进行清扫的人员的要求与进入洁净室从事长期工作的相同。
3. 对肉眼可见的污垢应用，抹布仔细地清除，不得散步污垢。
4. 吊顶
用湿抹布或者胶粘滚子清扫吊顶，但是要注意不要损坏HEPA过滤器，如果吊顶全部是HEPA过滤器，则最好不要触动，以保证通风系统的正常工作。必要时候可清扫过滤器之间的固定件，用抹布，滚子或者吸尘器顺着一个方向依次移动。
5. 墙
用墩布，滚子或者抹布进行湿法清扫，应该平行相互复盖，自上而下的移动，应该特别注意开关，插座和信号装置等。
6. 玻璃表面
清扫方式与墙相同，最好在清扫时洒些酒精溶液(若是灭菌生产，则要用经过0.22微米过滤的福尔马林溶液)；
7. 地坪
清扫方式与墙相同，应该平行相互复盖自中心向门移动，要经常地将海绵放在有溶液的桶中漂洗，采用具有海绵夹紧装置的墩布较为方便。
8. 要具备霉菌生产条件时，应该在完成清扫后再用双氧水蒸汽，福尔马林等对洁净室内部空间进行灭菌处理，为此可采用双氧水喷雾器或者其他工具，应该使用蒸汽在洁净室停留数小时，完成此项消毒后，有时还要对洁净室个别表面重复消毒。
9. 洁净室清扫完成后，再清扫更衣室，材料气闸室及其所有家具，特别注意洗手盆，水龙头，注液器，及其附近的部位。
10.清扫结束后即检查空气和表面的洁净度。
