应该根据生产工艺的特点设计和建造洁净室，并且要符合施工标准和规范，卫生规范，防火规范和其他规范标准文件的要求。但是洁净室具有自己的鲜明特点，故在进行设计、施工、安装工作时候就需要了解并考虑到这些特点。当然各种因素的意义可根据洁净室的洁净度级别及其用途加以区别。但是可以区分出决定洁净室建筑特点的条件和基本的原则，以及和深圳办公室装修的显著不同点。
1. 建筑物的外部环境
大气污染的性质和水平，其中包括季节性的变化(例如，开花季节的花粉传播)
浓生物污染源
高湿度源
水源和土壤的污染
对微电子工业具有决定意义的震动状况
应该考虑到邻近区域的远景发展和洁净度使用后可能造成的后果；
2. 高换气次数和费用巨大的通风空调系统主宰着洁净室的建造费用，因此，凡是在可能之处，采用空气循环，重复利用能源(例如再生)，局部空气清洁装置就起着很重要的作用。
3. 工艺设备的布置应该做到，只有需要洁净室内工作人员操纵的控制面板进入高洁净度工作区，而产品进、出部位也在高洁净度工作区。而工艺设备本身则位于维修区域，非列级区或低洁净度区。
4. 选择和建立与一定洁净度级别洁净室的要求相符合的工艺设备和工程系统。
5. 确定平面布置时应该计及人员，材料成品等人流物流的分开，不同洁净度级别房间和区域划分。
