深圳厂房装修的生物安全柜内所有的物品的表面都要进行去污处理，并在工作完成以后从柜内取出。否则残留培养介质会为微生物提供十分良好的生长环境，生物安全柜在每次使用前和使用后，都要对内表面进行去污处理。安全柜的工作台面和内壁要用消毒剂擦拭，该消毒剂应该能杀灭柜内可能存在的所有微生物，每天工作结束后，要进行最后表面去污处理，其中包括将工作面、侧面、后面、玻璃内侧全部擦拭干净。可以使用对目标微生物有效的漂白剂或者70%的酒精，如果使用的是有腐蚀性的消毒剂，则需要用灭菌水进行二次擦拭，建议安全柜一直处于运行状态，如果不是这样，则建议运行5分钟再关机，以精华柜内空气。
设备必须在每日工作开始和结束时进行清洁，这可使设备保持良好的工作状态。
下面列出了所有需要清洁的部位：
1.工作面； 2.前窗 3.控制面板 4.外表面
| 工作内容 | 部件 | 用品意见 | 时间 | |
| 1 | 清洁 | 控制面板 | 布+蒸馏水+液皂 | 每日 |
| 2 | 清洁 | 工作空间 | 含有季铵的消毒剂或者70%的酒精 | 每日 |
| 3 | 清洁 | 前挡板 | 含有季铵的消毒剂或者70%的酒精 | 每日 |
| 4 | 清洁 | 外部件 | 布+蒸馏水+液皂 | 每周 |
